2 września 1939 r. do Stutthofu przywieziono 150 polskich więźniów – przedstawicieli inteligencji, duchowieństwa, działaczy społecznych i politycznych z Pomorza i Wolnego Miasta Gdańska.
Po zakwaterowaniu w namiotach rozpoczęła się trwająca do 9 maja 1945 r. długa, okrutna i krwawa historia obozu koncentracyjnego. Przebywało w nim 110 tysięcy ofiar z przynajmniej 30 krajów i narodowości.
Oprócz obozu macierzystego funkcjonowało około 30 filii KL Stutthof. Liczba ofiar obozu szacowana jest na 65 tysięcy więźniów. Stutthof był najdłużej działającym obozem niemieckim na obecnym terenie Polski.
W 1949 r. teren obozu wpisano do Rejestru Zabytków, a w 1962 r. powołano do istnienia w Muzeum Stutthof/Stutthof Museum w Sztutowie.